Pada tahun 2003, bagi memisahkan pengurusan operasi dan strategik, Bayer AG telah disusun semula menjadi sebuah syarikat induk. Perniagaan teras kumpulan ini telah berubah menjadi syarikat berhad, masing-masing dikawal oleh Bayer. Syarikat-syarikat tersebut ialah: Bayer CropScience AG; Bayer HealthCare AG; Bayer MaterialScience AG dan Bayer Chemicals AG, dan tiga syarikat perkhidmatan berhad Bayer Technology Services GmbH, Bayer Business Services GmbH dan Bayer Industry Services GmbH & Co. OHG. Pada tahun 2016, syarikat itu memulakan penyusunan semula kedua dengan tujuan membenarkannya beralih kepada sebuah syarikat sains hayat.[11] Dengan melupuskan bahagian Kimianya pada tahun 2004 dan dengan matlamat untuk tidak memuatkan bahagian Bahannya menjelang pertengahan 2016, Bayer akan ditinggalkan dengan empat unit teras seperti yang tertera di bawah.[12][13]